6月28日，经商国务院医改办公室同意，财政部印发《关于下达2009年基层医疗卫生机构实施国家基本药物制度和综合改革以奖代补专项补助资金的通知》，一次性拨付各省2009年国家基本药物制度和综合改革以奖代补专项资金共10亿元，支持各地在30%的政府办城市社区卫生服务机构和县启动实施国家基本药物制度，推进基层医疗卫生机构人事、收入分配、补偿机制等多方面的综合改革，切实转变基层医疗卫生机构运行机制和服务模式。
　　此次以奖代补资金的拨付根据财政部、发展改革委、人力资源社会保障部、卫生部《关于印发〈2009年基层医疗卫生机构实施国家基本药物制度和综合改革以奖代补专项补助资金管理办法〉的通知》要求，经过对各地上报的实施国家基本药物制度和综合改革情况认真考核后拨付。其中，安徽省位居综合考核首位。
　　《通知》要求，各省要根据实施基本药物制度和基层医疗卫生机构综合改革的实际情况，将以奖代补专项补助资金统筹用于基层医疗卫生机构符合政府卫生投入政策规定的支出，以及推进基层医疗卫生机构综合改革时涉及的人员分流安置等改革性支出。同时要求，各地要加强资金管理，确保资金使用安全规范有效。