2012/2013年度，面对严峻市场形势和丰产丰收，新疆自治区党委、自治区人民政府8月份连续召开4个关于新年度做好棉花收储运工作的重要会议，并下发《关于切实做好新年度棉花工作的紧急通知》等3个文件，对棉花工作做出全面部署。重点对加强新棉收储政策宣传引导、加强对棉花质量的市场监管、加强后期棉花生产管理、做好棉花收购和运输工作、加大金融支持力度保证棉花收购资金充足供应、强化棉花安全管理、积极争取国家系统政策支持等七项重点工作提出具体要求和详细部署。目前，各地、各部门正按照自治区的总体部署，认真组织、落实措施、密切协作，全力做好棉花收储销运工作。
9月中旬以来，新疆新棉采摘已全面展开，轧花厂开秤也陆续增加，收购量逐步增加。由于市场行情不好，需求不足，今年来疆调运棉花的客户极少。疆内棉花加工企业收购比较理性和谨慎，许多棉企负责人明确表示，根据新年度棉花行情来看，皮棉在市场上基本销售不动，销售主要还是要依靠交国储，而2012年国家棉花收储细则更具体、更严格，疆内棉花企业感到压力很大，目前，各地棉花企业都严格按照国家储备标准，从收购到加工严把质量关，争取达到入储要求，避免造成企业亏损现象的发生。当前全疆新棉收购市场总体表现良好，籽棉收购均价为8.30—8.60元／公斤左右。
